Thế kỷ 5-900

Theo các thư tịch Trung Hoa và Triều Tiên, phần phía nam của vùng Khabarovsk vốn do một trong năm bộ phận của người Thất Vi (室韋) là Bát Thất Vi (钵室韋) cùng người Hắc Thủy Mạt Hạt sinh sống tương ứng ở phía tây và phía đông của Bureinsky và Tiểu Hưng An lĩnh.

Thế kỷ 17-1850

Năm 1643, thuyền của Vassili Poyarkov đã xuôi dòng Amur, quay trở lại Yakutsk theo biển Okhotsk và sông Aldan, và trong các năm 1649–1650 Yerofey Khabarov đã chiếm vùng đất ven bờ sông Amur. Tuy nhiên, trong cuộc chiến với nhà Thanh, những người Cozak đã bỏ pháo đài của họ, và theo điều ước Nerchinsk (1689), Nga từ bỏ lưu vực sông Amur.

Mặc dù Nga mất quyền thông hành trên sông Amur, nhà Thanh chưa từng thiết lập quyền kiểm soát trực tiếp đối với hạ du của sông Amur. Nikolay Muravyov đã khiến mối quan hệ với Trung Quốc căng thẳng khi tuyên bố rằng vùng hạ du sông Amur thuộc về người Nga.

Đến năm 1852, một đoàn quân Nga dưới quyền chỉ huy của Muravyov đã thám hiểm Amur, và đến năm 1857, đã có một loạt các điểm định cư của người Cozak và nông dân Nga dọc theo toàn bộ chiều dài con sông. Khu vực phía nam vùng Khabarovsk chính thức trở thành lãnh thổ Nga vào năm 1858 theo điều ước Aigun, sông Amur được công nhận là biên giới giữa đế quốc Nga và nhà Thanh, và Nga được quyền thông hành tự do ra Thái Bình Dương.